脳神経外科は岩手県の脳神経疾患外科治療の最後の砦として、脳卒中、脳腫瘍、頭部外傷や脊椎脊髄疾患、パーキンソン病、小児奇形疾患、三叉神経痛や顔面痙攣などの運動・感覚の機能的疾患などへの外科的な治療を行います。手術は主に矢巾の附属病院で行われています。

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内丸メディカルセンターでは、矢巾の附属病院での治療の窓口として、他の医療機関からの紹介患者さんや直接内丸メディカルセンターを受診された患者さんの検査や診察を行い、治療方針の決定を行います。また、附属病院退院後の外来治療や経過観察が必要な方の診察をそれぞれの分野に精通した医師が担当しています。